明代党争出现于宦官专权之后。洪武初年，朱元璋为防止宦官专权而令“寺人不过侍奉洒扫，不许干与政事”。英宗朝以后，宦官势力的膨胀，干预政治的能力遂滋长。比如英宗朝宦官王振、宪宗朝宦官汪直、武宗朝宦官刘瑾、熹宗朝宦官魏忠贤等，都曾干预朝政、打击士人官僚。其中最激烈、最残酷的当数熹宗朝魏忠贤集团与东林党人之争。
关于党争兴起的源头，明人自己有一个高度的概括：今日之争，起于门户，门户起于党争，党争起于东林，东林起于顾宪成。顾宪成是江苏无锡人，他是东林书院的创立者，而东林书院是东林党的发源地。顾宪成的一生都在和人事打交道，他成为东林党的创立者，有其必然性。
万历四年（），二十七岁的顾宪成参加乡试，取得了第一名的成绩，高中解元。在那次考试中，他的文章就阐述了选人、用人与治理国家的关系，可见他对人事的热忱。万历十年以后，顾宪成的大部分时间在吏部工作。在此期间，他积累了丰厚的人脉关系，并深度参与了当时的人事斗争，这为他后来走上组党的道路打下了基础。
那个时期的政争，主要是“阁部之争”。张居正死后遭到了清算，他生前独揽大权的局面引起了广泛的批评，朝中吸取经验教训，有限制内阁大臣权力的倾向和共识。在这种背景下，各部与内阁展开了权力之争，尤其是作为六部之首的吏部，在人事权力上与内阁的矛盾十分尖锐。
人事斗争主要集中在人事考核时期。明代对官吏的考核分为“京察”和“外察”。“京察”是考察在京任职的官员，每六年一次；“外察”是考核在地方上任职的官吏，每三年一次，一般是趁外官来京师朝见皇帝时加以考察。“京察”是根据官员的政绩、品行，来决定升迁、降调或罢官等奖惩，若是“京察”中被罢了官，就终身不再起用，政治生命就此结束。由于“京察”的致命性，使之成为官僚间互相斗争的一个重要场合。
作为吏部的官员，顾宪成参与了这个时期的斗争，其忙碌的身影频现史书：万历十五年京察时，顾宪成上疏言事，因“语侵执政，被旨切责”，并被贬为桂阳州判官。不久他又被“擢升为吏部考功主事，历员外郎”，重新回到了他热爱的人事工作岗位上。
万历二十一年的京察争斗，比六年前那一次更为激烈，因此被认为是明末门户之争形成的一个标志性事件。史书记载：“门户之祸固而不可拔，自此始也。”在这场战役里，顾宪成再次脱颖而出，他虽然职务并不高，能量却很大，作为一个小小的主事，竟然能够在幕后左右他的上级，去修剪首辅的羽翼。
万历二十二年，顾宪成升任吏部文选司郎中，掌管官吏班秩迁升、改调等事务，这是一个很有实权的差事，顾宪成在这个岗位上充分行使了他的职权，与内阁进行斗争，其胆大程度令人惊奇。虽然他只是一个司长，但却能决定部长的任命。《明史》记载：首辅（王锡爵）想用一个部长（罗万化），但是司长（顾宪成）不同意，于是只好任用他人（陈有年）。顾宪成不仅可以左右上级和上级的上级的意志，还可以任免他的上级，不仅明目张胆地和首辅对着干，甚至连皇帝也不放在眼里。
不久，首辅王锡爵年老引退，万历命令吏部根据品望推选六七位能够胜任首辅之职的官员听候点用。顾宪成等人违背皇帝的意思，几次提名的人，都是万历所厌恶的。在封建社会，官大一级压死人，皇帝对臣子更是有生杀予夺的权力，然而这种情况到了顾宪成这里，就完全颠倒过来了。顾宪成为什么会如此大胆呢？思前想后，只能有一个原因：他有自己的组织，因此有恃无恐。有组织做靠山，一切都不在话下。
万历对于吏部抗旨不遵的行为十分恼怒，并认为顾宪成在“徇私”，在吏部的奏疏上批了“司官降杂职”五个字，矛头直指顾宪成。关键时候，组织的作用显现了，许多大臣上疏申救，奏疏上百封。
然而，这一群体性事件并没有吓到万历，他不仅没有收回成命，反而加大了处罚的力度，他以“忤旨”之罪将顾宪成革职为民，并给予那些上疏申救的官员外放、降调、削职等处分。很显然，万历已经认识到吏部已成为一个“独立核算”的小团体了，因此对其进行了一次大手术。
回到家乡以后，顾宪成在人事方面的热忱不减，他不仅没有就此止步，反而开拓出一种新的途径。短暂休整之后，顾宪成就开始以讲学为名，广交朋友，四处活动。他想“请进来”，就在自己住宅南边造了几十间书舍专供来人居住；他想“走出去”，就经常奔赴苏州、松江、常熟、太仓、嘉兴、宜兴等地，与吴中士绅聚会。
伴随着活动量的增加，顾宪成感到有必要建造一个固定的场所，将分散的讲学活动变成一个有协调组织的统一活动，从而增强社会影响力。万历三十二年，经过多方努力，官府终于批准在无锡城东门内的东林书院遗址重建东林书院。工程共用了一千二百多两银子，作为首倡发起人之一的顾宪成捐银最多，他还发动吴地官员和缙绅捐资助修。在软件方面，顾宪成也亲力亲为，他审订了书院讲会的宗旨及具体会约仪式。
这年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人发起东林大会，《东林会约》规定每年一大会，每月一小会，除了严寒盛暑外，定期会讲。东林书院从成立之初就不是一个单纯的学校，而是一个政治意图明显的在野人士俱乐部，它由一批心有不甘的在野人士发起成立，主要活动是学术搭台、政治唱戏。
东林讲学之际，正值明末社会矛盾日趋激化之时。东林人士为匡正时弊、讽议朝政、评论官吏，既有鲜明的学术思想见解，又有积极的政治主张。他们要求廉正奉公、振兴吏治、开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪赃枉法。这些针砭时政的主张得到当时社会的广泛同情与支持，同时也遭到宦官及其依附势力的激烈反对，两者之间因政见分歧发展演变形成明末激烈的竞争局面。
明代官场各种复杂关系不断在东林书院交汇凝结，东林书院很快就发展成为各种关系的总部基地，编织了一个隐秘而庞大的关系网，每年一次的大会有时多达千人，积聚了很大的政治能量，并逐渐由在野拓展到朝堂，吸引越来越多的官员加入其中，逐渐形成了势力庞大的东林党。
东林党虽然站在道德的制高点上，以气节道义相号召，以君子自居，但有一点是可以肯定的，结党必定营私，结党必破坏势力平衡。“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事，事事关心。”这副漂亮的对联，也不能掩盖结党的消极方面。
伴随结党而来的，是无休止的权力斗争和使这些斗争看上去高深莫测的令人眼花缭乱的人际关系。东林党成立以后，引起了连锁反应。由于东林党人对政治生态平衡的破坏，威胁到其他非东林党人的利益，许多非东林党的官员为自保也纷纷以地域为单位，以高官为领袖，结成帮派，一时朝中宣党、浙党、楚党、齐党林立，他们联合起来打击东林党人。斗争由原来的阁部之争和门户之争逐渐演变为党派斗争，规模进一步升级，性质更加严重，影响也更加恶劣，明代政争急剧恶化，进入一个前所未有的新时代。
东林党与阉党之争
天启年间，东林党由于扶持熹宗即位有功而命运出现了转机，当时的首辅刘一景、叶向高，吏部尚书赵南星，礼部尚书孙慎行，兵部尚书熊廷弼，都是东林党人或东林党的支持者，可以说明朝的军事、政治、文化、监察和人事大权全都被东林党人掌握，他们从在野的清流成为了主持朝政的主要力量，《明史》记述此时“东林势盛，众正盈朝”。按理说，这是他们治理国政的最佳时机。然而此时，东林党人与阉党集团之间因朝政争论相互攻击达到不可调和的地步。
阉党是以魏忠贤为核心人物的宦官集团。熹宗不喜欢管理朝政，只喜欢木工，经常沉溺于此，不觉厌倦。而魏忠贤总是等熹宗做木工的时候故意拿出一大堆奏章出来让熹宗批阅，而熹宗这时总是不耐烦地让魏忠贤去处理，时间长了，朝中大小事务都要先请示魏忠贤，魏忠贤也就执掌了朝政大权，被东林党排斥的齐、楚、浙诸党争相依附形成了强大的力量。魏忠贤排斥异己、收罗爪牙，建立了遍布各地的特务网络。朝中巴结魏忠贤的人也越来越多，魏忠贤被人称为“九千岁”。
阉党的行为引起了正直官员的痛恨。杨涟上书陈述魏忠贤的二十四条罪状，但是反而被罢官，从此，魏忠贤就对东林党人恨之入骨。天启五年（），魏忠贤对东林党采取了残酷的镇压行动，他借熊廷弼事件，诬东林党的左光斗、杨涟、周起元、周顺昌、缪昌期等人有贪赃之罪，大肆搜捕东林党人，许多著名的东林党人冤死狱中。天启六年，魏忠贤又杀害了高攀龙、周起元、周顺昌、缪昌期、周宗建、黄尊素、李应升7人，东林书院被限期全部拆毁，讲学亦告中止。
曾经掌握朝政的东林党，在短短四年后就被宦官魏忠贤驱尽杀绝，全部覆没，这主要是由于他们在掌握政权的时候坐失良机。作为当权的群体力量，他们没有赶快拿出一套行之有效的治国方案，又对阉党丧失警惕，提出了一个“笼络群阉”的错误政策，姑息养奸，试图劝告魏忠贤不要干政，这显然是没有用处的。面对着日益强大的阉党，他们不用武力做后盾，在阉党步步紧逼的时候，一味息事宁人，妥协退让，所以很快丧失了在朝中的优势地位，被阉党轻而易举地消灭。
崇祯帝朱由检即位后，惩处了魏忠贤为首的阉党集团，同时昭雪平反东林党人冤案，并下旨修复东林书院。东林党人虽然又一度入阁，但不久，到袁崇焕被捕治罪以后，东林党人又被迫退出内阁。
从表面上来看，明朝的统治者消灭了一群不安分子，保证了当权者的权位，是统治者的胜利，但是对王朝而言，与其说是凯歌不如说是挽歌，像东林党人这样不惜一己安危，用自己的信念和道义来扶持王朝，挽救世道，最后却被他们所信任和效忠的统治者所屠杀。一个封建王朝到了靠屠杀忠臣以维持一时的所谓“稳定”时，这个王朝的末日也就来临了。万历皇帝（包括之前之后的一些皇帝）利用宦官掌握政权，打击奉法的士大夫，一些有识之士纵有忧国忧民之心，也束手无策。明朝皇帝可以说是自毁长城。
然而历史是公正的，东林党人并没有因为一时受当权者的打击而被历史所掩盖。尽管东林党人自身带有很多局限性，并不是完美的，甚至是有很多缺陷的，但是近代以来，东林书院一直被广大人民所爱护，并在官方和民间多种力量的支持下多次修缮，成为爱国人民，尤其是爱国知识分子的瞻仰凭吊之地。人们看到顾宪成撰写的那副对联，就会联想到东林学者提倡的关心国事、廉洁奉公、关心民生的优秀学风，以及抗击权贵、革新时弊的不屈斗争精神。
