由于建文帝在位仅有四年时间，且在此期间对于五府的更张，除罢五军断事官外，其他的调整，对于五府的发展历程，不具有连续性。所以在洪武之后，明前期五府的变化发展，主要还是通过永乐、仁宣、正统三个时期，对都督府人员任职与机构职掌等方面，进行梳理和讨论。
经过为期四年的靖难之役，建文四年六月朱棣率军进入南京，夺取皇位。朱棣能够成功，主要是靠手下一批将领的征伐厮杀，所以在入主南京的当月，便开始对这些追随自己的武臣进行封赏，升指挥使邱福、朱能、郑亨等十八人为都督府佥事，随即又在建文四年九月，正式大封靖难功臣，此次共有数十位武将，被封为公侯且大多兼任都督府官。
此外，又将刘江、朱荣、纪清等二十位都指挥使升为都督府官。除对中央五府的官员进行任职外，同时还将地方都司一级的官员，进行大规模的重新调整任职。
可以看出，这次大封功臣有两个意图，一是对在靖难四年当中，对自己支持和追随的武将进行报答，封官加爵以隆其功。二，通过大封功臣，实际上将洪武后期至建文朝，所形成的军事格局重新洗牌，中央都督府以及各地的都司、行都司、卫所，几乎全部被重新整理，调整，以便加强对全国的军事控制，毕竟在朱棣刚刚夺嫡之后其统治基础还不牢靠。
通过对这次封赏，及之后五府的发展来看，对于五府的影响较大的便是，逐步确立了公侯兼掌府事的原则，并在之后成为定制。
永乐一朝，成国公朱能掌左军都督府事、永康侯徐忠掌前军都督府事、泰宁侯陈圭掌行后军都督府事、云阳伯陈旭掌后军都督府事、隆平侯张信掌前军都督府事、广平侯驸马都尉袁容先后掌北京行后军都督府事、后军都督府事。正统时，命驸马都尉西宁侯宋瑛掌行在前军都督府，命安远候柳溥掌行在中军都督府事等等。
而无勋爵的都督官，除了数量不多的一些人员，被任命为掌府事官外，如中军右都督郭义，掌中军都督府事，若要参与都督府管理，大多只是理府事除公侯兼长府事以外，总体上看，永乐至正统时期任命的都督官，相比丁洪武一朝，出现了都督官任职标准，及授予人数的变化，以及都督官职能的转变等一系列的变化。
对于少数民族授予都督官，有三种情况。一是直接加入明朝部队的少数民族将领，如早期加入朱棣队伍参与靖难之役，为朱棣夺取帝位而出力的蒙古族将领，如火真与忠勤伯李贤、左军都督佥事吴也儿克台等人。
二是，永乐继位之后归附的蒙古头目，如永乐四年十二月，归附的鞑靼头目苦木帖木儿，以及永乐三年七月，归附的鞑靼平章伦都等人。
第三种情况为羁縻封官，这种授官数量较多，如永乐时，鞑靼和宁王阿鲁台的诸多部将及入贡使臣，脱火赤、恰木丁、脱脱木丿等人。
仁宣时，哈密忠顺王卜答失里贡使兀马剌亦撒格等。以及正统时，瓦剌朝贡使节阿都赤等，均被授予都督官。尤其是第三种情况，是明王朝作为对少数民族，进行外交安抚的手段而加以使用，所授予的人员大多只是虚衔，较少参与王朝具体的军事行动。
这一时期，荫官的范围和层次较洪武时期，又有所加大，如永乐三年冬十月，驸马梅殷被前军都督佥事谭深、锦衣卫指挥赵曦谋杀，成祖在将其二人治罪，同时将梅殷子梅顺昌封为中军都督府佥事，未几又升为同知六。此外，还将个别都督佥事，尚未成年的幼子直接授为右都督，以示恩宠。
如永乐元年五月，授故都督佥事陈文子敬，为前军右都督，令食其禄，俟年长任职。此时期，外戚也作为封赏的对象，皇前甚至将自己的乳母故去的丈夫，加封都督官。
就洪武与永乐至正统时期荫官人员相比，虽然太祖也会以特恩方式授勋戚、武将子嗣为都督官，但这些人受封之后又大都经历战争，但永乐之后，这种授予大多都是出于单纯的赏赐，仅食俸禄而己，较少再有参与军事行动或管理府事。
虽然，此时期对授予荫官控制尚为严格，数量不多，但自此都督官由最初武将拼杀疆场，才能授予的高级官爵，变成皇帝随意赏赐的恩典，必然影响到五府在朝野当中的政治地位。