自汉代起，儒生就将“灾异”与朝政的关系系统地阐述出来，并成为一种约定俗成的超越法律的联系在历朝历代中流传下去。明代皇帝和官员在灾疫发生后的救灾过程中都强调要“回天意”。关于王恭厂灾的记载以及当时人对其的评价认识，可从众多史书及笔记小说中窥见。这得益于京城文人群体庞大。
一、士大夫阶层对王恭厂灾的认识灾害的发生
首先应看气象部门对其的评价，相对于普通百姓而言，气象部门对灾害原因的分析及对灾害的看法更具有说服力。这并不是说古代的气象部门就能正确认知灾害，而是强调与普通民众相比，这样的部门更了解灾害的严重程度，特殊性以及简单的成因分析。
明代的气象部门自然与现在社会的不同，钦天监是古代制定历法，推算节气，观察天象的部门。相当于今天的气象部门。王恭厂灾发生后钦天监对其评价载于《玉镜新谭》、《颂天銮笔》、《明季北略》，《寄园寄所寄》之中。是对《天变邸抄》的转载，内容虽略有不同，但大意相同，以下不重复使用。
“钦天监占为本年五月初六日丁未巳时，候得地鸣如霹雳之声，从东北艮方来，行至西南方，有云气障天未散。占曰：地鸣者，天下起兵相攻（原按语：时有奴酋作难，黔南，八闽继乱），妇寺大乱（原按语：魏忠贤，客氏）。又曰：地中汹汹有声，是谓凶象，其地有殃。随有王恭厂，朝天宫之回禄，一月三地震，城倾人死，水溢禾伤之灾。”《颂天怯笔》中增加了“司天占候据实以告”来强调钦天监上报的真实性。
作为气象部门，面对王恭厂系列灾祸给出的解释是这是上天给出的凶象，是魏忠贤以及客氏作乱导致的。因为这番言论，钦天监周姓司吏被魏忠贤派人杖杀。首先钦天监对灾害应是有一定的理论知识的，对王恭厂灾的判定是天意，可见这场灾祸的突然和奇特。
其次魏忠贤和客氏在当时权倾一时，大兴冤狱，钦天监在这种时刻还公然与之对抗，一是说明了朝臣对魏忠贤集团积怨已久，借天谴发表政治意见弹劾他人是中国古代特有的政治传统；二是说明了魏忠贤集团对朝政影响程度之深危害之大，连并不接近权力中心的气象部门都要冒死参奏。
除了钦天监对王恭厂灾的看法被记载下来外，掌河南等道的御史王业浩也上疏也有记载。御史的办公地点在督察院，督察院与王恭厂相距不远，王业浩应是对王恭厂描写最为直接的。《明熹宗七年督察院实录》中载：“掌河南等道御史王业浩疏为火灾异常都城震动。内称：‘……职等俱昏晕，不知所出。
幸班皂多人拚命挟行，及至天井，见火焰之烛天，四边颓垣裂屋之声不绝。及觅马出衙门首，见妇女老稚泣聚于衢，则知屋舍碎坏不可胜计也，震压冲击蹂踏死者不可胜计也。……厂内戒严，星火未常入门，而忽然焰起，宁无别故。相传塘报贼差奸细十人，限于四月二十七日齐至京师，潜图内应，今日之变，适与报符，关系不小。’”
御史王业浩认为王恭厂灾与奸细纵火有关，这种猜测也并非是空穴来风。关于火药厂爆炸的记载在天启以前只有数次，而天启崇祯两朝多达十几次。这不得不考虑到晚明与后金的战争所致。一方面战时火药生产量的增加使得火药爆炸的概率上升，但考虑到万历时期也对外征战，这一方面的原因应该不是主因。
另一方面就是王业浩所称的“奸细纵火”。红衣大炮一直为后金军所忌惮，明军中使用火器的“神机营”是明军的精锐部队，天启六年（年）正月，王恭厂灾发生的同年，后金进攻宁远城，明军守城将士用火炮抵抗，解决了宁远的危机。对后金军来讲，派奸细炸毁明军的火药库，就是断了前线的补给，这就为后金军打仗铺平了道路。这点从后金军用计陷害袁崇焕来看，也能得到证实。
因此王业浩怀疑是奸细所为应是符合时局的，北京城内应该是有奸细存在的。熹宗重用厂卫监视百姓，可能也与此有关。除王业浩外，吏科给事中杨所修与王业浩等人合词上疏，要求逐户查找是否有奸细私焚火药。杨所修是魏忠贤的党羽之一，在崇祯时期被列入逆案，赎徒为民。
作为魏忠贤的党羽自然不能同其他士大夫一样称爆炸是天意，要求熹宗惩戒阉党。因此在《明熹宗实录》中合词上书要求捉拿奸细的一众人，很可能都是魏忠贤的党羽。将爆炸归到奸细所为，以此来降低“灾异天谴说”对魏忠贤集团的威胁。掌河南等道御史王业浩对王恭厂灾的看法发生过转变，这可能与五月初九兵部尚书王永光的言论有关。
五月初八熹宗下旨修省弥灾后，兵部尚书王永光上疏请愿，要求熹宗认真对待修省一事，而不是只做表面功夫，并给皇帝提出了多条建议。这则上述在朝廷内广受称赞。
王业浩也可能是受到这则疏议的启示，并且也趁着大臣都借此发表政治见解的东风，发表了自己的真实看法，所以出现了五月初七和五月十二两日上疏中对王恭厂灾爆发原因看法不一致的情况。王业浩第二次上疏时已经改变了认为是奸细纵火的看法，转而向“灾异天谴说”靠拢。劝诫皇帝反思其政事，注意四海之内的人心，可见当时的明代社会已经是人心涣散。
朝中大臣对王恭厂灾认识最为激烈的自然是三次上疏劝诫熹宗诚信修省的兵部尚书王永光。王永光的上疏就显得激烈很多，首先是批评了一些大臣认为王恭厂灾是奸细纵火，并分析了原因。从这方面可以看出王恭厂灾确实不同于一般的爆炸，在科学不发达的古代社会，将其发生原因归之于天也是唯一可信的解释。
其次是对皇帝以及官员的警告，若继续如此，不真心修省，天谴将会越发频繁。上述越发激烈的原因与灾害不断有很大的关系。尽管皇帝已经修省，但随后灾害竟接连发生，这就让人更为感叹是上天要对皇帝给予警示。据史料记载，王恭厂爆炸发生后，各地紧接着又发生多起灾害。
与王永光意见相似的大臣当时在朝中为数不少，激烈的上疏也使得熹宗与文人大夫之间的矛盾更加激烈，最终他们的意见没有受到采纳。爱国将领方震孺在周顺昌、周宗建、黄尊素被害后，用一首诗歌表达出自己内心所感。
从方震孺的诗歌中可以看出王恭厂大爆炸发生后群臣与熹宗，魏忠贤集团之间的政治斗争更为激烈，王恭厂灾并没有阻止熹宗授权魏忠贤继续残害东林党人，本不该直接处死的周宗建等人，反而因为王永光激烈的上疏，以天谴威胁皇帝停止刑罚而激怒了熹宗，导致了他们的死亡。
而像方震孺这样的士人只能在诗歌中发泄自己的不满，却没有办法阻止激烈的朝廷斗争。足见熹宗与士大夫之间互相不信任的程度，以及文人大夫当时对明朝统治者的不满与无奈。
二、文人对王恭厂灾的看法
除了士大夫阶层对王恭厂灾发表的看法被史书记载下来外，一些明代的史学家，文人也将自己所见，所闻以及感悟写到了作品之中。朱长祚著《玉镜新谭》记录魏忠贤及阉党与东林党的斗争，全书是以批评魏忠贤及阉党集团为核心思想的。其中关于王恭厂灾的评价自然不能与魏忠贤的恶行脱离关系。
“魏忠贤串通客氏，表里为奸，擅杀大臣，诛戮忠义之士无算，此天人共怒，以示警戒也。”金日升著《颂天瞭笔》中也将王恭厂灾归于魏忠贤与崔呈秀残害东林党人的缘故。称其是“天怒人怨，相为感召。”关于“灾异天谴说”的看法是中国古人将不可探明原因的灾害结合自身所处的政治环境得出的产物，这是由于前文提到的自汉代就有的“天人感应”学说的基础，也可说是传统导致的。
已经步入近代社会的西方人则致力于探究灾害发生的具体原因。崇祯时期德国人汤若望口授的《火攻挈要》中对王恭厂灾的看法就与当时国人大相径庭。“若将所积之药料尽数合成，恐积多日久，偶遇地火游行时有焚烧，此人事之不谨耳，非天灾之谓也。”。
汤若望总结了火药厂的选址以及火药贮藏的原则，分析了王恭厂，盔甲厂，安民厂屡次火灾是明人不懂保存火药的道理，并且不吸取教训所致。从汤若望的总结中可以看出当时的明政府虽然已经在战争中熟练使用火器，但是对火药的生产，保存缺乏系统的管理，即使屡次出现问题也没有想要增加对火药保存的研究，也不放心将火药搬离人流密集的京城地区。
可见晚明政府已经是积重难返，统治者面临的挑战众多，已经不能在失误中总结经验，或者说已经没有技术人员想要解决实际问题，而都将